Durante a season finale de Prison Break, Michael Scofield derrotou Poseidon com sua inteligência fora do comum — mas não sem algumas perdas no processo.
Nessa temporada, nos foi apresentado que Jacob agia por trás dos panos para cortar a burocracia e ajudar o país. Entretanto, nesse episódio, foi revelado que toda a missão no Iêmen era apenas para tirar Michael do caminho, para que ele pudesse ficar com a Sara. Sara conseguiu virar o agente Van Gogh contra Poseidon, mas o mesmo acabou morto por sua parceira loira. Era dele o sangue na porta no fim do episódio anterior.
Lincoln, que também foi baleado no episódio de semana passada, sobreviveu as suas feridas e conseguiu levar Luca à prisão mais para frente. Porém Michael e Sara estavam sozinhos para recuperar Mike das mãos de Jacob, que estava fazendo lavagem cerebral no menino. T-Bag ainda devia um favor a Michael e concordou em matar Poseidon. Ele também entregou o frasco de sangue que Whip pescou no episódio oito.
As tatuagens misteriosas de Michael dessa temporada finalmente fizeram sentido, formando uma réplica do rosto de Jacob, fazendo com que Michael tivesse acesso ao seu escritório e pudesse pegar seus discos rígidos. Com isso, ele propôs uma troca, Mike pelos arquivos. Infelizmente, durante a troca, Whip atacou A&W e acabou baleado, morrendo no local. Na mesma hora, T-Bag se aproveita da distração da agente e a mata, sendo preso em seguida.
Michael recria a cena pela qual foi incriminado — a morte do vice-diretor da CIA — usando outra carta na manga, um ex-detento com habilidades meticulosas que ele ajudou a tirar da prisão na América do Sul. Michael é levado sob custódia, mas Jacob também vai preso como cúmplice do assassinato, pois o sangue plantado por Michael do agente foi encontrado em sua sala.
Lincoln e Sara salvam Mike e o ajudante de Jacob vai preso, revelando a operação Void-21 e confessando que eles incriminaram Michael. Michael consegue sua liberdade e tem seu merecido final feliz, ao lado de Sarah e Mike. E seu irmão, que também está livre dos problemas e ao lado de Sheba. E ainda mais merecido, Jacob encontra um destino sombrio ao ser colocado na mesma cela que T-Bag em Fox River.
Prison Break não tem previsão para uma 6ª temporada.
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